Juas, yo tengo exactamente la misma pregunta, el primer Mii que hice fue uno en plan chorra para probar, y ahora es el que figura como Mii personal, y no deja borrarlo... Supongo que las únicas soluciones son o "resetear" la 3DS como si fuera recién salida de fábrica, o como dice numero41, editarlo y cambiarlo completamente (no se me había ocurrido esto último...). Supongo que me decantaré por la segunda opción.
Saludos