Buenas.
Haber, en teoria si tu tienes dos mandos, da igual el que uses, me explico, si un dia usas uno de los mandos estara como mando 1, pero cuando apagues la consola y otro dia la enciendas con el segundo mando que tenga ese mando tambien estara como 1. Por lo que es algo raro lo que te pasa.
Prueba a ir a ajustes del sistema y dale en "ajustes de fabrica", te pedira que vuelvas a conectar el mando por USB para sincronizarlo de nuevo como si fuese la primera vez que usas la consola.
El mando estas seguro de que es original?