Mmm.. aún a riesgo de sonar muy ignorante (que lo soy), la carpeta system no la he usado para nada. Simplemente copiando el .e16 se ha instalado el moonshell y todo, así que no se si tendré que hacer algo más o simplemente con guardar en el global.ini ya se modifica también el updagcsd.e16 y reactualizando es suficiente.
Gracias.