no, el servidor nessus corre en una maquina como root (ya que usa raw sockets en muchos casos), si tu quieres pues lo ejecutas en otra, pero la norma esa de poner un servidor nessus en cada maquina a escanear no existe, luego con el cliente te conectas al servidor para realizar los escaneas ( el cliente puede ser utilizado remotamente en otra maquina ) y recoges los resultados