Para conversión de vídeo, por CPU se obtiene es mejor calidad desde luego, por GPU hay programas que aceleran la conversión bastante, pero la calidad se resiente también bastante, ya depende si lo que quieres es velocidad o calidad de vídeo.
De todos modos, a no ser que sea imprescindible que sea en un tamaño pequeño el equipo, como mejores resultados vas a obtener es con un sobremesa, además que se te calentará menos y a igualdad de prestaciones (y seguramente con mejores prestaciones también) te salga bastante más barato, eso ya es cosa tuya, pero yo no antepondría el tamaño del equipo para ese uso, si fuera para un equipo de oficina o multimedia sencillo, pues aún le veo un sentido, pero para un equipo que va a hacer tareas ciertamente pesadas, pues no tanto la verdad, pero repito, eso ya es cosa tuya.
Saludos.