Tanto el ventilador como la bomba de la refrigeración líquida se controlan por BIOS o mediante el aplicativo del fabricante de la placa madre (SIV en el caso de Gigabyte). Yo acostumbro poner para ambos componentes la misma curva de calibración, controlados por la temperatura de CPU (100% a 65°C). Personalmente tengo los ventiladores del case al 100% ya que el ruido que generan es tolerable.