Primera aclaracion:
Mp4, MKV, AVI, MOV, FLV, WMV, etc., son contenedores de video, a lo que llamamos simplemente archivos de video.
DivX/XviD, WMV8, WMV9/VC-1, RMV30/RMV40, MPEG-1, MPEG-2, VP8, h264 -y proximamente h265- son "formatos de video".
Si vas a subir a youtube usa como formato de video y audio el h264 y AAC respectivamente, y todo en contenedor -archivo- MP4, de todas maneras al subir si es requerido el servidor recodificara el video a h264 con el bitrate requerido.
h264 esta contemplado dentro del formato MPEG-4 AVC, DivX/XviD esta contemplado como MPEG-4 SP, pero no hay que confundor MPEG-4 [formato video] con el MP4 [archivo contenedor de video]