Duda con subtitulos en un capitulo de anime

Vereis, he estado pasando algunos capitulos de series anime al formato de la psp. Pero me ha pasado una cosa muy rara con uno. La serie en cuestion se llama Seto no Hanayome, y hastael capitulo 5 y a partir de el, todos los videos me aparecen bien con los incrustados (tal y como esta el video original), pero ese capitulo 5, pues no hay manera. He probado media coder, format factory y el total video converter, y en todos los subs desaparecen. Sabeis a que se puede deber la causa?
Puede ser que no vayan "incrustados" en el video sino que se puedan activar y desactivar (como el audio dual).
eso me ha pasado alguna vez a mi, que formato es el archivo , un mkv?
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