Te recomiendo la CF al 100%, yo la tengo y te puedo decir que los juegos cargan más rápido que en la NDS de mi hermano con SC SD. Además de lo que te ha comentado el compañero de lo del homebrew, también a veces han salido juegos que funcionaban en CF y en SD no (aunque después se haya solucionado).
También me dio más confianza la versión CF porque cuando veia las capturas que hacía romman de pruebas de nuevas versiones del soft de supercard con juegos siempre las hacía con la versión CF. No estoy diciendo que la versión SD sea mala o peor, te van a funcionar los mismos juegos hoy día, pero si te lo recomiendo al 100%.
Saludos.