Sin conocer la compañía, en princpio estate tranquilo, es normal aún que el check-in online no sea la primera opción, ya sea porque el plazo es demasiado corto (Iberia) o porque sean compañías normalmente de vuelos largos que como tienes que facturar, total lo mismo te da.
Salvo sorpresón, simplemente tienes que acercarte al mostrador (o quizá a un quiosquillo de estos tipo cajero para hacer tú mismo), comerte la posible cola y te darán las tarjetas sin cose adicional (gratis no, que ya habrás pagado bien el vuelo). Lo de cobrar yo sólo lo he visto en Ryanair.
PD: Podría ser peor, a mi una vez al ser un trayecto en dos saltos me tocó salir de la terminal para sacar las segundas tarjetas de embarque y volver a entrar, un rollo.
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