Los DLC y los TU tienen que estar en el disco duro interno, a no ser que pongas un disco Usb y le des formato desde la Xbox, pero en este caso solo te podrá reconocer un máximo de 16Gigas. Por lo demás, Xlba, juegos extraídos(Default.xex), juegos en formato God, y aplicaciones no firmadas por mocosoft, las puedes tener en un disco Externo de cualquier tamaño formateado en Fat32(también puede estar formateado para un Mac, pero en este caso solo podrás leer, y no leer y escribir en el), y gestionarlas desde por ejemplo el Fsd. Si las App, o juegos están en un disco duro externo Fat32, no aparecerán en el dashboard original, a no ser que uses el Quickboot para crear accesos directos desde el Dash al Disco externo. En relación a los TU, estos tienen que estar en el disco duro interno, pero el Fsd V2.0, es capad de guardar las TU en un disco externo en Fat32 por ejemplo, y si están aplicados desde este, el se encargara de copiarlos automáticamente al disco duro entino, en su lugar correspondiente.
En relación a la pregunta de si es posible utilizar un disco formateado en Fat en ved del original, o del lector, creo que no es posible, pero puedes probarlo y nos comentas. Aunque lo dudo. Y en relación a lo de crear las carpetas, las tendrás que crear a mano.