Buenas.
A la pregunta que haces seguro que la gente puede darte un monton de razones tecnicas (yo no) que defiendan una u otra posibilidad.
En mi caso solo puedo hablarte de mi experiencia:
Tener el disco particionado para el sistema operativo y los datos del servidor, lo encuentro lo mas razonable y util, pues en caso de fallo del disco (fallos mas o menos comunes, pues si hay un incendio en el edificio, evidentemente se pierde todo) puedes formatear y reinstalar el sistema si es necesario, sin perder los datos del servidor que me imagino que para alguien que trabaja con Autocad seran mas importantes que el tiempo que pierdas en reinstalar el sistema.
Tambien seria aconsejable analizar el tamaño de disco que precisas para usar como servidor, porque si vas sobrado, a veces incluso es mas conveniente incluso particionarlo aun mas.
Solo es cuestion de saber si los programas necesitan espacio virtual de disco par ainteractuar o no, etc...
La mayoria de las veces es solo cuestion de sentido comun y perder unos minutos en analizar el uso particular que va a tener el disco.
Espero haberte aclarado algo las ideas, que las explicaciones tecnicas ya te las darna otros.
Salu2
