Hola.
Como norma general cuando te salta el mensaje de que X juego solo se ejecuta en X región, debes arrancar obligatoriamente la consola en ese modo (en el caso del sonic 3 en PAL 50hz), una vez se haya saltado la protección puedes ponerlo en 60hz tranquilamente (usa o jap). Casos como los sonics PAL, están optimizados a 50hz por lo que si haces el cambio de hz en caliente, el juego y la musica harán cosas raras por lo que te recomiendo que o bien los juegues a 50hz o tires de versiones USA con el everdrive.
Respecto al everdrive, existen codigos (gamegenie, action replay....) con los que puedes parchear la rom y saltarte ese bloqueo inicial de región (ya que el bloqueo lo lleva la propia rom, no es por hardware como el cic de la snes) para que no te sea necesario andar arrancando en un modo y después cambiando a otro, pero inicialmente, NO puedes saltarte ese bloqueo con el cartucho original o rom a excepción de como te digo, arrancar en el modo exigido por el juego y cambiarlo después.
lo de que no te coja los cartuchos, pues lo que para mi es mano de santo y a pesar de que los contactos de la placa puedan a simple vista parecer limpios, es un bastoncillo con alcohol. si aun asi sigue sin cogerlo bien, puede que los pines del slot de cartuchos estén algo abiertos y tengas dificultades para coger los juegos.
Así que eso, básicamente lo que dice nuvalo. 