Así, por el nombre, parece que una ISO pueda ser el XP versión Retail (el que se compra en las tiendas) y el otro el VL (Volume Licensing, Licencia por volumen, el que se vende a empresas). Tendrás que identificar o acordarte de qué tipo de licencia tenías instalada en ese equipo para poder usar una ISO u otra. Aunque la reparación tal vez funcione con ambas ISOs.
El archivo dañado es parte del registro de Windows. Si no lo reparas, Windows no podrá volver a arrancar nunca. Tal vez necesites instalar Windows XP encima de lo que tengas, dada la gravedad del fallo. No obstante, intenta realizar un chkdsk del disco antes de todo esto; lo mismo tienes algún problema físico o lógico en el disco.
Y respecto a la pérdida de datos, sólo perderás los datos si formateas o reparticionas el disco. De otra forma, si reparas o instalas encima, los datos existentes se copiarán a una carpeta .old, .%username%, .%computername% o algo similar.
