El verdadero y unico FORMATO UNIVERSAL es UDF [muchos aparatos reproductores pueden usarlo tambien], fat es tan-pero taaannn mediocre a estos dias
Como sea...
@snake_keys desde la escuela y en el trabajo comparto tanto en sistemas macos como windows [gnu/linux ya quedo mucho tiempo atras que lo usabamos] didsco duro externo como ahora USB y nunca he tenido problemas -quer yo no me haya buscado-. Asi que la respuesta es: ¿Puede llegar a 'dañarse' un medio de almacenamiento portatil por usarse en diferentes sistemas operativos? NO, mientras sepas que estas haciendo, prestes mucha atencion a los mensajes que pueda mostrar el sistema, quitar del puerto [scsi, firewire, serial/aralelo, usb, etc.] solo hasta que el sistema indique que es seguro quitarlo y asi evitarte 'sustos' e inconvenientes.
MacOS usa HFS y HFS+ [y sus versiones recientes], windows usa fat en sus diferentes versiones [fat12/fat16/fat32] junto con NTFS, gnu/linux ext3/ext4. Los problemas ocurren cuando escribimos en la unidad de almacenamiento porque el sistema operativo en donde este montado escribira conforme a las reglas y patrones propios y es cuando pueden venir los inconvenientes, por ejemplo, para el funcionamiento correcto de formato NTFS se crea una carpeta 'system volume information', donde el sistema operativo debe meter informacion de ubicacion de archivos y otros menesteres que se necesitan, y el problema viene porque el poder acceder a los archivos dentro de esa carpeta y poderlos actualizar con los movimientos [agregar o borrar archivos o modificarlos o moverlos] que se le ha hecho a esa unidad de almacenamiento, pues no siempre puede hacerlo correctamente, entonces cuando lo metas en windows y windows busca la informacion dentro de esa carpeta es cuando te dara un aviso de 'problemas en la unidad'. O bien, tambien en el caso de macos, este usa una serie de archivos que coloca en una particion [vamos, windows usa la carpeta system volume information mientras macos usa una pequeña particion] y entonces windows puede detectar problemas de disco porque macos no actualizo correctamente la tabla de particion o la escribio de una manera un tanto diferente a lo que espera windows leer. Pero todo esto se evita prestando atencion de montar y desmontar correctamente esa unidad extraible, y siempre esperar a que el sistema te indique cuando puedas quitar del puerto USB esa unidad externa. Tambien es mejor No hacer demasiados cambios o cambios drasticos en esa unidad cuando la estes usando en otro sistema operativo el cual no usa de manera nativa el fotrmato de archivo que tiene esa unidad externa.
Antes que nada evita modificar esa unidad portatil, no la formates, ni le hagas nada.
En tu caso, prueba a usar TESTDISK para ver si es problema de una tabla de particion corrupta o ilegible, si es esto se recuperan todos los archivos ya que es reconstruir la tabla correcta con lo que la tabla de contenido podra acceder a los archivos que tiene registrados. Si ya has realizado algun cambio, entonces lo mejor es usar RECUVA o PHOTOREC
hilo_duda-software-para-recuperar-datos-de-un-disco-duro_2382579-->cgsecurity.org/wiki/TestDisk_Descargar
-->ccleaner.com/recuva