¿Qué placa base tienes? Mírate el manual a ver si indica si arranca desde un dispositivo conectado a un slot PCI-E o no, o incluso ponte en contacto con el servicio de atención al cliente del fabricante si no pone nada en el manual y pregúntales, que para eso están.
Es que merece la pena arrancar desde el SSD M.2 NVME y hacerlo al revés, dejar el SSD SATA como secundario e instalar Windows y todos los programas que puedas en el SSD M.2 NVME, ya que te irá mejor el sistema de esa manera.
Como ya te han comentado, a no ser una placa relativamente antigua, con un adaptador PCI-E para el SSD M.2 NVME (ojo, que hay adaptadores que sirven tanto para M.2 SATA como NVME, pero otros solo son para M.2 SATA o para M.2 NVME, mira las especificaciones del adaptador) te lo reconocería en el arranque de la BIOS y podrías instalar en él Windows sin problemas de booteo, etc...
Saludos.