Al pasar a la 4.3 solo se te borrará el canal de Homebrew Channel, los cios (o al menos la gran mayoría que yo sepa) no se van a tocar.
Posiblemente tengas instalado el Priiloader y tenga marcado que te bloquee las actualizaciones, se accede de la siguiente manera: Con la consola apagada, dale al botón de power y automáticamente mantén pulsado el de reset hasta que salga un menú, vete a configuración de hacks y desactiva el bloqueo.
Personalmente no sé si eso te arreglará algo que actualices a 4.3, yo cogería e instalaría todos los cios de nuevo, ya contarás que tal
