Bueno aunque tu última frase casi me hace no contestar (puesto que no soy un experto ni mucho menos) lo voy a hacer.
Sobre el daño que pueda causar el disco duro a tu lente depende del disco que uses, del calor que genere. Ten en cuenta que el disco duro oficial es de 40GB a 5400rpm, y a partir de ahí saca tus conclusiones. De todos modos no creo que un disco duro de 80GB a 7200 la prejudique. Todo es cuestion de probar a ver como de caliente se pone el disco tras varias horas de uso.
Si no te fias, siempre puedes recurrir a ponerlo externo, que no es dificil para nada, tan solo necesitas un cable de corriente de los que se le enxufan de la fuente de alimentacion de un pc a los lectores de dvd por ejemplo, y un alargador IDE de menos de 25cm (de más puede dar problemas de transferencia). Una vez hecho esto, o bien dejas el disco duro fuera "apelo" o bien le compras una cajita externa.
Y respecto al hdloader... pues te recomiendo que intentes instalartelo en la memory card que es bastante mas comodo y solo usas la lente para arrancar el exploit con un juego de psx original o el breaker pro. Aparte de ese modo puedes tener mas aplicaciones en la memory card (o en el disco duro) y ejecutarlas desde el keylauncher.