Ahí donde esté el archivo del programa de Firefox es desde donde se ejecutará. Lo de copiarlo a "Aplicaciones" es simplemente para efectos prácticos de tener todas las aplicaciones puestas en el mismo sitio. si quieres desinstalar alguna aplicación, la metes en la papelera y santas pascuas, aplicación borrada.
Las aplicaciones se pueden, la gran mayoría, ejecutar allí donde estén (son las que solamente hace falta copiarlas a la carpeta Aplicaciones). Por otro lado hay un pequeño reducto de aplicaciones que vienen en formato PKG que traen un instalador para instalarlas, éstas últimas suelen requerir también de un desinstalador para desinstalarlas.
Lo que si que no te será cómodo será tener las aplicaciones directamente abiertas en esa "unidad", porque eso llegará a consumir recursos.
Sobre iTunes tienes que tener en cuenta que se puede configurar de dos maneras:
- Usando la ordenación manual de las canciones y que no las copie en su base de datos. De esta manera copias la carpeta, la añades a iTunes y las gestiones tu. Esto es cómodo si necesitas / quieres mantener tu biblioteca de iTunes en dos unidades diferentes.
- Organización automática. De esta manera iTunes copia las canciones cuando las añades a su propio archivo de base de datos de iTunes y tu te olvidas de trabajar con los archivos de las carpetas. Trabajas directamente con iTunes y ya está. Cuando quieras hacer una copia de seguridad basta que le digas que exporte la biblioteca a otra unidad y copia de seguridad hecha. Si el día de mañana necesitas esas canciones en otro sistema operativo Windows, por ejemplo, ve el archivo de la base de datos de iTunes como una carpeta, y las canciones estarán ahí dentro.
¿Qué opción es mejor? Ninguna es mejor ni peor, cada uno elige el modo que mejor le va para tener las canciones ordenadas y actualizadas. A mi me es muy cómodo tener las canciones copiadas en la biblioteca. Tengo una buena política de copias de seguridad (o eso creo) y paso de preocuparme por colocar las canciones ordenadas por carpetas. Las bajo, las añado y una vez se han añdido y copia a la biblioteca de iTunes borro el archivo original que he descargado.