¿Qué conocimientos de informática tienes? Para hacer lo que tu quieres, necesitas:
- Saber el offset de los tiles en la ROM
- Saber el offset de los colores (imagen de la CRAM) en la ROM
- Saber el offset del mapa de tiles en la ROM (tilemap o drawing map)
Luego necesitas hacer un programa que convierta los tiles+tilemap en una imagen completa de 4 bits por píxel. Tras esto, necesitas cargarlo en el CrystalTile2 y ir probando a ver cuál es la anchura exacta del mapa de dibujo, para después cambiar los colores, y exportarlo como BMP.
Esto se complica aún más, si el escenario en sí no es un escenario simple, sino está compuesto por varias capas (parallax scrolling), o tiene elementos móviles (sprites)
Chaval, te aconsejo usar un emulador y ya está