Graficamente son iguales y los controles tambien. En cuanto a la velocidad el problema es que hay roms (backup de juegos, para enterdernos) en version ntsc y en pal, entonces si comparas el sonic como dice aqui el amigo probablemente el esté emulando el sonic ntsc de usa y en la consola virtual es pal, uno va a 60hz y el otro a 50hz, con el consiguiente desfase en velocidad.
Personalmente me gusta mas el tema emulacion porque ademas puedes guardas partidas donde te de la gana y cosas asi, aunque he de reconocer que yo mismo me he creado mis propios canales con algunos juegos que considero imprescindibles y que hay que tener siempre a mano, tipo el super mario all stars.
Se me olvidaba, los emus los puedes lanzar desde hbc o mediante canal, lo ideal es que te pilles un forwarder, que es un canal que hace un acceso directo a la SD donde esta el emulador y de esa forma puedes actualizar el emulador siempre y no tienes que cambiar nunca el canal. Google un poco que hay canales forwarder para todos los emus.
Espero que te aclare algo.
Saludos