Como te dicen, NO toca la flash, PERO en ms0:/IRSHELL/PATCH/ (una vez en la ms claro) tienes que ejecutar, segun la version de tu psp, un archivo que habra en la carpeta correspondiente (si es para 3.71, estara en la carpeta ms0:/IRSHELL/PATCH/371/).
Este parche NO tiene nada que ver con la funcionalidad de irShell en si, lo que hace es aumentar la compatibilidad cargando juegos desde irShell (bueno, mas que aumentar, la hace igual a la del custom firmware, para entendernos).
Simplemente es un archivo que hace que se cargue un prx al cargar los juegos que permite a irShell permanecer en memoria con todos los juegos.
Tu tranquilo que es 100% seguro, y aunque pasara algo, lo que no te iria serían los juegos, pero podrias acceder al recovery sin problemas.