1-Si merece la pena comprar dichas consolas teniendo a disposición una amplia gamma de emuladores y bastante logrados con filtros y demas..
Si estan bien emuladas pues considero que no. Si bien tener la consola clasica es muy lindo visualmente y da otro aspecto. Conseguir los juegos es un tema (no en todos lados se consiguen y aun de segundamano hay que ver que no esten en penosas condiciones de packaging porque su anterior dueño fue un niño de 3 años). Tener la consola clasica es mas una opcion para coleccionistas que estan dispuestos a buscar y pagar lo que vale algo de coleccion. Si es solo para jugar, los emus que funcionan bien serian la opcion.
2-Si los juegos se ven mejor gráficamente en su consola original que en el emulador (tengo dudas porque mucha gente asegura que con project64 por ejemplo donkey kong 64 se ve mejor que en la misma n64)
Depende que emuladores. Por haberlos probado los de arcade, neogeo, megadrive, snes, nes, mastersystem, gb, gb, ps1 andan mucho mejor en graficos.
Otros como el de Saturn, PS2, NGC, Xbox andan en general mal y con tantos errores que nada corre decentemente o a buen framerate. El de Dreamcast depende con que juegos, con algunos muy bien (por suerte los mejores), con otros no.
En el caso de tu pregunta, los emus de N64, la respuesta es que no andan mejor que la consola. Tienen opciones para mejorarle los graficos por usar compatibilidad con Dx u OGL, pero la cantidad de errores que traen graficos es considerable (en algunos juegos son detalles menores, en otros muy considerables tales como partes completas de pantallas perdidas, texturas desaparecidas, cuelgues, etc). En general andan bien los de N64 pero lo que ganas en graficos mejorados lo pierdes en glitches y problemas graficos.
Personalmente con la N64 recomiendo la consola, por lo anterior, y tambien por el pad. Usar el teclado y mouse con un emu de N64 es horrendo. Ningun otro pad parecido al de N64 hay en mercado (era medio especial). Salvo que quieras usar el hack adaptador de pad de N64 a ordenador (que no cuesta dos duros), diria que la consola es mejor opcion.
3-Si merece la pena pasar de las consolas y seguir con mi propia colección de emuladores con sus respectivas roms.. de ser asi compraria una VGA -SCART CARD y la enchufaria directamente a un monitor CRT sin duda.
Si no eres coleccionista de la consola en si, pues si.