En EmuCR tienes compilaciones actualizadas de los emuladores más importantes que se mantienen a día de hoy. Es la fuente habitual.
En cuanto a Super Nintendo, Mega Drive y NES lo mejor es que tires de RetroArch, BizHawk o Mednafen. Excepto Mednafen (que tiene varios cores propios) todos son interfaces de los mejores emuladores para cada plataforma. Claro que en el caso de Mega Drive tan solo RetroCopy es un emulador casi-cycle-accuracy, pero ya te tienes que comer un programa gigantesco con un interfaz horrible.