Utiliza el Goomba normal, porque este juego no era de color, por si acaso lo de la compatibilidad y eso.
Aunque justamente con el pokemon amarillo también me generó un .gba de 256 kb, creo que lo que hice para arreglarlo es renombrar la rom .gb que tenia el nombre "Pokémon Amarillo.gb" y no funcionó bien el parcheador. Renombralo a pokemon.gb sin el acento, por ejemplo, y a ver si ya genera la rom con el tamaño normal.