Puedes poner un radiador grande de calefacción de coche en la parte superior de la caja (abriendo la chapa para hacerle hueco a toda la superficie, poniendo una rejilla encima o similar), con dos ventiladores de 12 cm sacando aire de la caja a través de el, y eliminar todos los demás ventiladores. Controlas ambos ventiladores independientemente para ponerlos por ejemplo a 5 V, 12 V o apagados, y dependiendo del momento pues sacas mas o menos aire de la caja. El aire caliente tiende a subir así que si apagaras ambos ventiladores el aire se movería igualmente, seguramente podrias dejarlos de noche ambos apagados.
En resumen, lo que dice Pipeline es seguramente la mejor opción, y si pones el radiador en la parte superior de la caja para sacar el aire a través de él puedes prescindir de todos los demás ventiladores de la caja si es que los tienes, facilita en lo posible la entrada de aire fresco desde abajo y listo.