Seguramente primero se descarga el firm, y luego, cuando lo tiene todo completo, se actualiza, que seria lo más logico...., con lo que yo croe que no pasaria nada. La siguiente vez que se conectara te pediria actualizar otra vez.
Y con los juegos de la VC, pues tampoco creo qeu haya problema, porque una vez que lo has comprado, lo puedes descargar tantas veces como quieras asi que..., si la descarga se hizo a la mitad, te lo vuelves a descargar y listo.
Imagino que nintendo habrá pensado en errores de conexion, asi que no te precupes por eso..