No se pueden cargar las partidas desde la SD de manera normal. Tienes que volver a copiarlas a la consola para que te las reconozca.
Si tienes una NAND emulada en la SD/HDD, puedes cargar/guardar las partidas desde ella y tener la NAND de la Wii libre. Tendrías que habilitar dicha opción en el loader que uses.
Lo del Wiimote, porcentaje exacto no creo que se pueda saber, a mí a veces se me desconecta el mando con juegos de Wii cuando le quedan picas pilas, pero si pongo un juego de emulador o Consola Virtual puedo estar un buen rato jugando aún. Aún así, pulsando el botón Home en mitad de un juego o en el menú de la consola puedes ver una estimación de cuánta batería le queda a los Wiimotes conectados (recuadrito blanco en forma de pila con hasta 4 rayitas, o en rojo si está casi al límite).