Todo depende de si el HDD soporta tener 2 sistemas diferentes conectados a la vez... Yo me decantaria porque seguramente falle si enciendes ambos a la vez, pero vamos, como no tengo ninguno parecido tampoco puedo probar si lo soporta.
Windows sabemos de sobra que es muy quisquilloso y me da que va a protestar o a liarla si otro dispositivo accede a un HDD que tiene "bajo control".
En teoría, de poder soportar las 2 interfaces a la vez en sistemas diferentes, no deberías tener problemas siempre y cuando no uses los 2 a la vez para hacer cosas diferentes. Por ejemplo, leer un backup con la Wii a la vez que grabas otro desde windows.