Hola Dayax, espero poder contestar a tus preguntas.
Aunque no tengo el Hdloader , sí el advance, supongo que éste último es mejor ya que trae 2 discos(CD y DVD) con lo que puedes utilizar cada uno en función del que tengas que montar en el HD. Puedes usar Backups sin tener que recurrir al doble swap que requiere el HDLOADER. Si bien nos indican que ambos tienen un TOC grande, en el caso del CD no llega a los 700 Mb (632 Mb.), por lo que algunos backups ripeados de mayor tamaño darán error.
En cuanto al montaje en el HD, si lo haces desde la propida consola solo te tienes que preocupar de de introducir el disco, original o Backup (No iso) y dar la orden oportuna para generar el fichero en el HD y darle un nombre.
Los isos solo son necesarios si se monta directamente del PC al HD de la PS2 (Este procedimiento se describe el al Seecion "Genera".
Saludos.