El bootloader ocupa un area al inicio de la flash del PIC... desde la posicion 0x0000 hasta la posicion 0x0FFF (si no recuerdo mal)
El .hex (que seria el programa... y no tiene nada que ver con el bootloder) ocupa desde la posicion 0x1000 hasta el final de la flash
Una vez programado el bootloader... puedes actualizar el .hex por usb... pero para eso necesitas que el PIC arranque en un "modo especial"... se suele activar mediante un jumper en la placa (o un boton)
Ese jumper deberia estar previsto al hacer el diseño electrico de la placa (y al compilar el bootloader hay que asignarle una de las patillas del PIC)