Hola, vamos a ver, yo tambien tengo una R4 y te voy a decir como lo tengo yo aver si asi te aclara un poco:
Al enceder tienes 3 iconos, el de la izq (juegos), el central(moonshell) y el de la derecha (gba).
Para reproducir musica, peliculas, fotos...etc, metelo todo en carpetas con dichos nombres en la de en medio (moonshell).
Y los juegos logicamente los metes en la de la izq, pues ahi, crea una carpeta q se llame homebrew y metes dentro todos los q quieras, tanto el phideas, como emuladores...etc y lo ejecutas siempre desde ahi. En el lado izq te tiene que quedar una cosa asi:
(carpeta)Homebrew(dentro el phideas con su .nds)
juego1.nds
juego2.nds
juego3.nds
juegox.nds
Suerte