Hola,
Hacer una instalación limpia significa instalar el s.o. con el disco duro formateado. Si instalas Sierra sobre el Capitán ya no es limpia.
Tienes que instalar Sierra sobre el Capitán, reinicias con una combinación de teclas (ahora no me acuerdo) para instalar el último s.o. instalado (en este caso Sierra, por eso se debe instalar primero para luego borrarlo) descargandolo de los servidores de apple, formateas el disco con Utilidad de discos y te descargas Sierra instalandolo directamente.
Bueno, no me he explicado muy bien pero creo que se entiende.