A ver, el IRPF tiene un mínimo que debe aplicar la empresa, dependiendo de unas tablas. A partir de ese mínimo, la empresa calcula qué IRPF REALMENTE tienes que pagar al año. En teoría debe de ser el correcto para que luego al hacer la declaración te salga cuadrada, pero claro, en la empresa no saben el resto de tus ingresos, así que se hace a ojo.
Aparte, tú puedes ir a la sección correspondiente de las nóminas en tu empresa y decirles "quiero pagar este IRPF" y ellos te lo cambiarán sin problema, siempre que este por encima del mínimo para tu situación personal. ¿Te puedes quejar? Por supuesto, probablemente lo que ha pasado es que al subirte el sueldo te hayan aplicado un IRPF demasiado bajo para redondear tu declaración y se han dado cuenta en diciembre. En cualquier caso, tanto da porque al hacer la declaración es donde se hace el ajuste real y podrás ver si te han retenido de más o de menos.
Sobre lo del IRPF hay unos simuladores por internet donde le puedes meter TODO lo que iría en la declaración (situación personal, ingresos, rentas, desgravaciones, etc) y te dice cuanto deberías de pagar de IRPF (el bruto en €, uséase que lo mismo te dice que en un año tienes que pagar 5.000€ de IRPF). Luego calculas a mano qué porcentaje de tu sueldo es, vas a la sección de tu empresa y le dices que te ponga ese IRPF y así la declaración te saldrá más o menos cuadrada.
No obstante, mi padrino opina lo contrario. Él dice que lo mejor es ir a la empresa y preguntar cuanto es el mínimo que le pueden poner de IRPF, y decir que se lo pongan. Luego en la declaración le meten el hachazo, pero según su punto de vista, todo el tiempo que ha tenido el dinero de más en su bolsillo ha podido sacarle rentabilidad, y luego en la declaración acaba pagando lo mismo que habría pagado con el sueldo, pero por lo menos todo ese tiempo ha podido sacar provecho del dinero. Y ciertamente si eres capaz de llevar bien las cuentas, sí que sales ganando.