Se podría hacer combinando los archivos del juego que quieres "convertir" y los de algún juego que hayas comprado que vaya a 60Hz. Para SNES el Super Mario RPG, que tiene el emulador más reciente, para NES el Ninja Gaiden por ejemplo, para N64 el Sin & Punishment. De momento, para la Mega Drive, Master System y Neo-Geo tendrías que cambiar la consola de región, ya que se usa el mismo emu en todo el mundo y cambia de modo según la configuración interna de la consola.
Lo que pasa en estas 3 consolas es que varios juegos PAL de NES y prácticamente todos los de SNES están optimizados para que el sonido vaya a la velocidad correcta en las consolas con velocidad más lenta, y los de N64 tenían protección de región, con lo que si les metes la ROM sin modificarla antes te vas a encontrar con que la música irá más rápido de lo normal, o con un error de que no se puede usar ese juego en una N64 americana.
Si no entiendes mucho de editar ROMs (de hecho no parece haber mucho interés en andar investigando estas cosas), sólo te queda meter la versión NTSC en su lugar junto con los archivos de los banner e instrucciones en los idiomas europeos. No sé lo legal que sería esto de meter otra versión de la ROM, pero al menos estaría justificado si ya has pagado por la versión PAL.
Respecto a cómo sacar los archivos de tus juegos y volver a empaquetarlos con la misma ID del que convertiste y tal, en eso mejor te podrá ayudar alguien que ya lo haya hecho, que no es mi caso. Pero poderse se puede.
