Alguno juegos tienen una tabla de contenido falsa que indica un mayor tamaño del que ocupan o poseen LBA falsas que es algo que le llaman Shrink, aqui en el ripeo de juegos hablan de esto o sino en un sitio muy conocido que habla exclusivamente del uso del HD en la PS2 y que esta en ingles.
Revisa si necesitas algun parche para que funcione en el disco duro, p.e. el V-Joe necesita ser modificado para que se juegue. Los parches generalmente vienen en formato PPF por lo que necesitas el programa PPF-o-Matic.