Tienes que unirlos, en el hdd interno de la ps3 no se soportan juegos spliteados
Si no recuerdo mal, el iris (y supongo que otros managers) te juntan todas las partes si usas la opcion "copiar" desde externo spliteado a interno
Edit:
Haz una prueba con un juego pequeño, despues de copiarlo al interno usa el manager de archivos o ftp para mirar en dev_hdd0/PS3ISO/ para ver si lo ha juntado
FTP o hdd externo ntfs y te ahorras faena 