LT son las siglas de Lite Touch y es el firmware modificado con el que se flashea el lector para que lea backups.
Si te lee backups XGD3 pero te dice disco no compatible con Prototype 2, lo más probable es que tengas LT 2.0 y Prototype 2 venga preparado para LT 3.0, o al revés.
Los juegos para LT 2.0 no funcionan en LT 3.0 y viceversa, y el mensaje de error que dan es Disco no compatible.