Con "memoria flash" imagino que te refieres a las PS3 Superslim de 12 Gigas que traían el almacenamiento en una flash eMMC. Técnicamente la flash eMMC será más rápida que un hdd (no sé, es una suposición, pues no tengo una de esas a mano), pero 12 Gigas apenas te llegarían para uno o dos juegos digitales. Sí o sí tendrás que ponerle un hdd si quieres tener un mínimo decente de espacio de almacenamiento en la consola (lo que "anulará" los 12 Gigas de la flash eMMC, por cierto).
Ahora, respecto al rendimiento de los hdd en PS3, tengo entendido que las FAT usan el estándar SATA-I y las Slim y Superslim ya usan el estándar SATA-II, por lo que en las FAT te irá algo más lento un hdd en comparación con las Slim y Superslim.
Por otro lado, no confundas la flash de almacenamiento (que, si mi memoria no me falla, sólo hay un modelo de Superslim que trae flash eMMC para almacenamiento, y ese modelo es el Superslim de 12 Gigas) con la flash del sistema (sea NAND o NOR), pues todas las PS3, sin excepción, traen una memoria flash para el sistema. Esa memoria flash no se puede utilizar como unidad de almacenamiento interno, pues es exclusiva para almacenar el sistema operativo de la PS3 (en el caso de las NOR son de 16 Megas, y las NAND son de 256 Megas).
Un saludo.