En linux todos los archivos de configuración de todos los usuarios, y todos sus documentos y cosas, tienen que estar guardados en /home/ forzosamente, así que lo mejor que puedes hacer, es una copia de seguridad de esa carpeta.
Por otro lado, si en la instalación de Guadalinex tuviste la audacia de meter la carpeta /home en otra partición, podrás formatear la de sistema respetando la partición de /home.
Sé que hay maneras de "sobreinstalar" el sistema operativo, pero ya sobreinstalando la misma distribución, da problemas, y queda una instalación muy "sucia", es más recomendable guardar /home en un dispositivo externo o una partición de win, y empezar de 0.