Aporto un par de detalles y aclaraciones.
Hay que diferenciar la frecuencia de refresco de 50Hz o 60Hz de lo que son PAL y NTSC, que son formatos de codificacion de color. Si bien NTSC se creó para un sistema de TV a 60Hz y PAL para uno a 50Hz, lo cierto es que existen estandares de facto ampliamente soportados que combinan, por ejemplo, color NTSC con 50Hz y color PAL con 60Hz. Este ultimo es ampliamente utilizado por consolas en europa desde Dreamcast, comunmente llamado "PAL60".
En la N64, la codificacion de color viene fijada en el hardware, y, aunque por software se establezca un modo de video a 60Hz, el color va a seguir siendo PAL. Así que, ese no va a ser tu problema.
Otra cosa es lo que indica EMaDeLoC sobre s-video y el euroconector. El video compuesto a color fue una extension del video en blanco y negro de las primeras televisiones. Se añade una señal de color a una frecuencia determinada. Si la tele no sabe lo que es el color la señal de color aparece en pantalla como un punteado, que, en teles antiguas, por lo borrosas que eran, ni se notaba. S-Video consiste en transmitir la señal de video en blanco y negro (luminosidad) y la de color por hilos separados, solucionando muchos problemas debidos a las dificultades de separar estas señales a partir de video compuesto.
La especificacion de SCART original no incluia S-Video porque creo que aun ni se habia inventado. Mas tarde, oficialmente o defacto, establecieron que, para usar s-video a traves de un conector scart, la señal de luminancia debia ir por la patilla de compuesto y la de crominancia por la de Rojo RGB, creo.
Y ahí viene el problema. Muchas TVs directamente no soportan s-video por SCART, otras, que tienen multiples SCART, lo soportan en unos conectores y en otros no. Otras TVs tienes que ir a los menus y seleccionar para el conector SCART, que acepte señal compuesta o s-video. Otras tienen algun tipo de capacidad de autodeteccion mediante analisis de la señal entrante. Otras tienen diferentes numeros de entrada para el mismo conector, tipicamente un modo para video compuesto y otro para RGB o S-Video.
Por ejemplo, Mi trinitron tiene 2 euroconectores detras y una entrada frontal.
AV_1 es scart 1 modo compuesto o RGB detectado por señal de presencia RGB
RGB1 es scart 1 modo RGB forzado haya o no señal de presencia RGB
AV_2 es scart 2 modo compuesto
YV_2 es scart 2 modo S-Video
AV_3 es la entrada frontal en modo compuesto
YV_3 es la entrada frontal en modo S-Video
Otra TV sanyo que tengo pequeña solo tiene un euroconector y hay que ir a los menus para decirle si la entrada es compuesto o S-Video.
El caso es que, como indica EMaDeLoC, si tu TV o la entrada concreta no soportan S-Video, o no tienen autodeteccion o no estan bien configuradas, es posible que ignoren la señal croma y solo cojan la señal de luminancia de S-Video, lo cual resulta en una pantalla en blanco y negro (pero sin los puntitos antes mencionados).
Tambien es posible que, como me pasaba a mi en otra TV que ya se fundió, realmente no soporte S-Video pero veas colores raros porque estando mal apantallados los hilos el uno del otro, acabe la señal de croma filtrandose en la de luma, y, aunque la señal sea debil, el circuito de la TV lo coja e intente amplificarlo interpretandolo como compuesto, resultando en unos colores hechos papilla.
En cualquier caso, repito, si tu N64 es PAL, el formato de color va a ser siempre PAL, aunque pongas juegos NTSC, y los problemas de color que vayas a tener no van a tener relacion ninguna con NTSC.