Las roms de la mierda del neoRAGEx no son compatibles con ningún otro emulador, debeis tenerlo en cuenta. Aségurate tambien de que las bios de Neo-Geo (neogeo.zip) las metes en la carpeta donde tengas las roms.
Mi recomendación es que utilices el Final Burn Alpha, emula una gran cantidad de juegos (no solo de Neo-Geo), es muy liviano y en lo que a opciones respecta me parece el más completo.