Si la tienes flasheada como dices, es decir con el lector modificado para leer copias de seguridad, me temo que vas a necesitar los discos igualmente. Podrás instalar los juegos en el disco duro, con lo que mientras que juegas no se usa el lector, pero para poder iniciar el juego vas a tener que meter el disco sí o sí.
Lo que tu dices de jugar desde el disco duro sin necesidad necesitarías el rgh u otro método que permita cargar tus copias de seguridad desde el disco duro!
Saludos