Hola, si usas temas personalizados, el riesgo de brick es el mismo que cualquier aplicación, (en caso de que tengas dual-nand y tus nand se encuentran desvinculado) no tienes problemas al momento de apagar tu consola y que el tema no se cargue, se quedan instalados siempre y cuando no entres a la e-shop, porque se quita.
Ahora que si tú lo que quieres es hacer modificación al tema base (el que viene por default) al modificar archivos de la nand, si corres alto riesgo de brick (en caso de que tengas dual-nand, sólo se brickea la que se modificó), por eso mejor solo instalar tengas a través de CHMM y que no modifica ningún archivo de sistema.