Buenas, a mi me pasa lo mismo. La mía es una gigabyte hd 6950 2 gb, no la tengo mutada, sino con los shaders desbloqueados, y al subir la frecuencia de clock (ya sea subiendo o sin subir voltaje), padezco las rayas y parpadeos que comentas. Lo curioso es que en juegos me va bien, solo me parpadea en el escritorio; en cambio tengo una hd 5850 que al hacerle oc, parpadea siempre.
Si en vez de desbloquear sharders, la muto, ya no padezco de parpadeos. Pues eso, también me gustaría saber a que se deben esas rayas y parpadeos en el escritorio (en el caso de mi hd 6950), y en cualquier escenario con la hd 5850.