Lo primero que deberías hacer es leerte el convenio colectivo de aplicación que te corresponda, para saber si te corresponde algún tipo de mejora por incapacidad temporal, en el sentido de que te deban pagar hasta completar el sueldo igual que si estuvieras trabajando, o al menos una parte.
Si el convenio no dice nada en concreto sobre este tema, entonces significa que deberías estar cobrando el 75% de tu base de cotización a contingencias comunes del mes anterior al de la baja. Esta base incluye todos los conceptos salariales, incluidos pagas extras, por lo que no se tienen que cobrar pagas extras aparte, a no ser que lo obligase el convenio (no suele ser el caso).
Entonces, si hasta ahora sí que habías cobrado las pagas extras aparte, una de dos, o bien el convenio obliga, o bien en la empresa no se enteran y te estaban haciendo un favor sin tú saberlo.