Yo tengo ambas, la New 3DS y la New 3DS XL.
Efectivamente, se agradece la XL en juegos como Monster Hunter 4 o Xenoblade Chronicles, aunque este último me ha decepcionado. Se juego muchísimo mejor en la Wii.
Además, la pantalla de la XL en general se ve mejor pues los colores son algo más vivos y los negros algo mejores. Algo así como la diferencia de una pantalla Super AMOLED de Samsung y las LCD de los demás, aunque sin ser tan acusado.
Por otro lado, al ser mayor, está mucho más pixelada, por lo que los gráficos y sobre todo las letras, en la pequeña se ven más suaves. Como ventaja adicional, para llevarla en el bolsillo me parece muchísimo más adecuada la pequeña.
Finalmente, como apunte a lo que comentas de el cansancio, yo también he notado un enorme cansancio en la vista desde que tengo esta consola, aún sin usar el 3D. Con la PS Vita por ejemplo o incluso el Xperia Play que lo uso mucho con emuladores, no se me cansaba tanto los ojos.