Pues segun, si quieres puedes usar el mismo administrador de discos de tu sistema operativo si es windows, boton derecho en Mi PC > Administrar > Almacenamiento > Administración de discos.
Ahi ya es simple ver el HD eliminas la que tenga con todo el disco usado y haces dos.
En el WBFS selecciona la que desees para la wii, la otra formateara rapido con el mismo windows y tema resuelto.
PD: Por mis manos paso un Seagate externo de 1.5 TB y no hubo manera de que fuera bien, tenia que conectarlo cuando arrancaba el loader para que me lo reconociera y mas de un juego se me colgaba, espero que no sea ese el tuyo, o si lo es que te vaya bien, porque a mi me fue fatal.
Un saludo!