El unico problema que vas a tener es que la fat32 no te permite crear archivos de mas de 4 GB. si necesitas realizar una imagen que ocupe mas no te la hara.
De todas formas si tienes alguna particion gordita puedes convertirla a NTFS sin problemas: BOTON DERECHO EN MI PC->ADMINITRAR->ADMINISTRACION DE DISCOS
Ahi puedes cambiar la fat32 por NTFS sin problemas y muy muy rapido, eso si perderas toda la informacion de esa particion. Tambien puedes usar el convertidor de unidades fat a NTFS mucho mas lento pero no perderas la info de la particion.
Yo lo cambiaria pq ademas de poder guardar archivos de mas de 4 Gb. es mucho mas estable y robusta en cuanto a la perdida de informacion, por apagones, etc.
Un saludete.
