Yo tampoco llevo mucho jugando al online del por6, de hecho he jugado al comprarme la ps3 ya que para la 2 no tenia el adpatador de red.
El tema de las puntuaciones solo sirve (si me equivoco que alguien me corrija) para que te hagas una idea de la "calidad" que tiene tu rival, cuantos mas puntos, supuestamente mas partido habra ganado y mejor será...
No creo que influya a la hora de que su equipo sea mejor o corran mas sus jugadores. Eso puede pedender de la condicion fisica de sus jugadores, que puedes ponerla en predeterminada en las opciones al crear una partida para que esté todo más igualadao.
Un saludo!